En 1979, los historiadores Aleksandr Avdonin y Geli Riábov hallaron la posible tumba de la familia imperial en el bosque de Koptiakí. Análisis de ADN confirmaron el hallazgo. En 1981, la Iglesia ortodoxa rusa en el exilio canonizó a los integrantes de la familia Románov.
En 2008 el Tribunal Supremo de Justicia de la Federación Rusa rehabilitó a Nicolás II y a su familia, teniendo en cuenta a las víctimas de la represión política bolchevique; una decisión muy esperada por los descendientes de la familia imperial y la Iglesia ortodoxa rusa.
Al triunfar la Revolución de Octubre de 1917, en la que los bolcheviques —liderados por Lenin— derrocaron al gobierno de Kérenski, el Soviet Central a cargo de Yákov Sverdlov, un líder bolchevique judío perteneciente al círculo íntimo de Lenin, y quien estaba a cargo administrativamente del destino del zar, ordenó primero el traslado a Moscú del emperador depuesto; pero luego se instruyó el traslado de la familia imperial a Ekaterimburgo, que se hallaba bajo control del Soviet de los Urales con apoyo del Ejército Rojo.
El gobierno alemán había propuesto al Soviet que el emperador refrendara el tratado de paz, pero como segunda intención oculta era negociar la libertad de Nicolás II para posteriormente poder reimplantar el régimen monárquico ya que Alemania se había dado cuenta de la verdadera naturaleza de la revolución socialista mundial proclamada por Lenin. Por esa razón se lo había intentado enviar a Moscú en un primer momento. El Soviet, al tanto de estas maniobras y temeroso de lo que implicaba la intención, tomó las providencias para que jamás se volviera a instalar el zarismo en Rusia.
El 4 de julio de 1918, tomando como pretexto el avance de la Legión Checoslovaca que podría liberar a la familia del zar, Filipp Goloshchokin, quien presidía el Sóviet de los Urales, se apersonó apresuradamente en Moscú con Sverdlov y planteó el asesinato y encubrimiento ante este último. Sverdlov consultó a la alta cúpula del Sóviet Central y la orden fue dada.
Un escuadrón de la policía Cheka al mando de Yákov Yurovski, un importante oficial bolchevique de origen judío, relevó a la guardia de la casa, y el 16 de julio recibió la orden del Sóviet de los Urales de fusilar a toda la familia. No importó que el zar había abdicado y renunciado al poder mucho antes de ser capturado, entregando el mando a un gobierno interino e instaurando un parlamento.
La planificación misma del magnicidio in situ fue hecha por Yurovski, quien se reservó el derecho de disparar primero sobre el "verdugo coronado" como se lo llamaba a Nicolás II; aparte de Yurovski, la camarilla la componían, Piotr Ermakov y Gregoy Nikulin, todos miembros y asesinos probados de la Cheka.
Un subordinado de Goloshchokin, Piotr Ermakov, comisario bolchevique judío, quien tenía el control del campesinado del Ural, tenía la función de eliminar toda evidencia del asesinato no pudo conseguirse los dos camiones de transporte requeridos hasta el día siguiente. Ermakov además de participar en el pelotón, haría encender los motores de ambos vehículos para ahogar el ruido de los disparos.
El escuadrón estaba compuesto por doce hombres, siete de los cuales eran ex-combatientes húngaros, a cada uno de ellos se les asignó una víctima; dos de ellos se negaron a disparar sobre mujeres y al menos uno de ellos fue deshechado y reemplazado por Ermakov. Los miembros del escuadrón eran Gregori Nikulin, asistente de Yurovski, Piotr Ermakov asistente de Goloshchokin, Piotr Medveyed, S. Vagánov, Andreas Vergasi, Laszlo Horvath, Víctor Griinfeldt, Imre Nagy, Emile Fekete, Anselm Fischer e Isidor Edelstein. La amplia mayoría de los verdugos eran de origen lituano o judío.
En la medianoche del 17 de julio el zar junto a los integrantes de la familia fueron llevados al sótano de la Casa Ipátiev donde fueron fusilados, junto a algunos sirvientes cercanos, e incluso un médico leal. El pretexto era que se los iba a tomar una fotografía antes de partir; o se los iba a trasladar.
Nicolás II colocó al heredero en sus rodillas mientras tomaba asiento junto a la zarina, las hijas se sentaron atrás y los sirvientes y el médico a los costados, de pie. Pasaron unos instantes y repentinamente entró Yákov Yurovski con revólver en mano y 17 soldados armados con fusiles a la bayoneta.
Cuando Yákov Yurovski levanta el revólver y declara al zar que "el pueblo ruso" lo ha condenado a muerte, el zar alcanza a balbucear: -" que?"- y le dispara casi a quemarropa. El zar cae instantáneamente muerto, la zarina se alcanza a incorporar haciendo la señal de la cruz y gritando, es muerta de un disparo en plena boca por Yurovski y seguidamente los fusileros realizan una descarga cerrada al resto de la familia. Las hijas, que llevaban corsés apretados y además en su interior estaban cargados con joyas, no mueren inmediatamente y son rematadas a la bayoneta. Anastasia, que se había desmayado cuando comenzaron los disparos, recuperó la conciencia y fue muerta a golpe de culatas de los fusiles y por los bayonetazos realizados por Ermakov.
El zarévich sobrevivió a la primera descarga y fue muerto por Yurovski en el remate de moribundos disparándole dos veces a la altura del oído. Una de las sirvientas que no recibió la primera descarga es perseguida dentro de la habitación y asesinada a bayonetazos, e incluso la mascota es muerta de un disparo.
El zar murió con 50 años recién cumplidos. Este episodio daba fin a la dinastía Romanov y con éste, el régimen zarista.
Posteriormente los cuerpos son llevados en camiones y depositados en una mina abandonada.
Al día siguiente, Yurovski, temiendo que el rumor sobre el fusilamiento indujera a recuperar los cuerpos, ordenó su traslado y destrucción de los cadáveres por fuego y ácido y arrojarlos a piques de otras excavaciones, ubicadas 12 km fuera de la ciudad, en la mina que se llama "los cuatro hermanos".
En 1981, la Iglesia Ortodoxa Rusa en el exilio canonizó a los integrantes de la familia Románov, una decisión refrendada en agosto de 2000 por el sínodo de la Ortodoxia Rusa. Desde 1998 sus restos reposan en la Catedral de San Pedro y San Pablo de San Petersburgo.
El entierro de los restos mortales de la familia real dio pie a debates en medios políticos y religiosos. Pese al examen pericial genético que corroboró la autenticidad de los restos reales descubiertos, tanto la Iglesia Ortodoxa Rusa como los poco numerosos monárquicos de Rusia se niegan a reconocer que en la Fortaleza de San Pedro y San Pablo fueron enterrados justamente Nicolás II y sus familiares.
A la luz de este hecho, la decisión tomada por los Jerarcas de la Iglesia Ortodoxa Rusa de canonizar a Nicolás II (Románov) parece algo contradictoria. Según las tradiciones de la Iglesia Ortodoxa Rusa, existen determinadas condiciones a las que deben responder los candidatos a la canonización. Por ejemplo, sus restos deben curar y del icono debe emanar crisma.
La Iglesia parece haber tenido sus razones para declarar santa a la familia imperial. Algunos piensan, por ejemplo, que la Iglesia Ortodoxa Rusa hace cierta concesión a la Iglesia Rusa en el extranjero que había canonizado a Nicolás II hace aproximadamente veinte años. Según afirma el clero, el Zar fue canonizado debido a su "resignación y docilidad frente al martirio".
Según piensan los prelados, la decisión de canonizarlo debe traer paz a las almas de los habitantes de Rusia y reconciliarlos con el pasado del país. Pero no fue así: los sondeos de opinión muestran que la población se ha dividido más o menos en dos partes iguales, una mitad cree que Nicolás II merece ser canonizado, mientras que la otra mitad tiene una opinión distinta.
Los partidarios de la canonización piensan que Rusia es culpable ante el ungido por haber acogido con indiferencia su ejecución en 1918 y ahora debe expiar esta culpa. Los adversarios de la canonización dicen que el Emperador no era un santo. El Zar bebía y fumaba, asistía a funciones espiritistas, le gustaba cazar cornejas, todo lo cual dista de corresponder a la imagen de un santo.
